Mustafa Akaydın 24 Nisan 1952'de Çorum'da doğdu.
İlk öğrenimini TED Ankara Koleji'nde, lise öğrenimini de Ankara Fen Lisesi'nde tamamladı.
1975 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden mezun oldu.
1979 yılında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden genel cerrahi uzmanlığını aldı.
1980 yılında görev aldığı Akdeniz Üniversitesi'nde 1982 yılında yardımcı doçent, 1984 yılında doçent ve 1992 yılında da profesör unvanını aldı.
Akdeniz Üniversitesi Öğretim Üyeleri Derneği kurucu üyesidir.
1988-1990 yılları arasında Antalya Tabib Odası başkanlığını yürütmüş olup daha sonra bu odanın Onur Kurulu üyeliğine seçildi.
Cerrahi tıp bilimleri alanında 22 uluslararası, 100'ün üzerinde de ulusal bilimsel dergilerde yayımlanmış çalışması bulunmaktadır.
Akdeniz Üniversitesi'nde 1996-2004 yılları arasında rektör yardımcılığı 2004-2008 arasında da rektörlük görevini yürüttü.
2007/2008 döneminde Üniversiteler Arası Kurul (ÜAK) başkanlığı yaptı.
2009 yerel seçimlerinde Cumhuriyet Halk Partisi'nden (CHP) Antalya Büyükşehir Belediyesi başkanlığına seçildi.
30 Mart 2014 yerel seçimlerde Menderes Türel, Mustafa Akaydın'ı 23.504 oyla geçerek Antalya Büyükşehir Belediye Başkanlığını devraldı.
7 Haziran ve 1 Kasım 2015 tarihlerinde yapılan genel seçimlerde Antalya'dan CHP milletvekili seçildi.
Mustafa Akaydın, Günseli Akaydın ile evli olup iki çocuk babasıdır.
